南京医科大学校训是:“博学至精　明德至善”。
    校训释义:
    博学，是学问丰富的意思。至，是达到的意思。精，有精深、完美之意。博学至精 指通过广泛的学习，掌握广博的知识，达到精通专业、臻于完美的境界。
    明德，指懂得、通晓道德。至，是达到的意思。善，有善良、完好之意。明德至善，指通过品德修养，明确道德责任，达到高尚的境界。
    博学、明德，是寄望学生既在学业上有所成，又追求美好的道德情操，品学兼优、德、术双馨。至精、至善，是表明博学、明德的目标，以激励学生不断以高标准要求自己，惧而不舍、追求卓越，努力达到完善之境界。

南京医科大学校训石

南京医科大学校训石：一块巨大的花岗岩（雪浪石）上携刻有南京医科大学校训：“博学至精 明德至善”。

这块校训石是由2004年10月，医学系79级校友捐赠。